Seit der Gründung der Nordkirche am 27.5.2012 heißt die Leitung der Kirchengemeinde nicht mehr Kirchenvorstand, sondern heißt jetzt Kirchengemeinderat.

Der Kirchengemeinderat oder auch kurz "KGR" wird alle 6 Jahre von den Kirchenmitgliedern, die 16 Jahre oder älter sind, gewählt. Die einzelnen Kandidaten werden von der Gemeinde vorgeschlagen. Die letzte Wahl fand am 1. Advent 2016 statt.

In den Kirchengemeinderat wurden sieben Mitglieder gewählt. Die beiden Pastoren sind sogenannte geborene Mitglieder. Damit umfasst der Kirchengemeinderat der Maria-Magdalena-Kirche neun Mitglieder..

Der Kirchengemeinderat ist für die Leitung und Verwaltung der Kirchengemeinde verantwortlich. Im Rahmen der kirchlichen Ordnung entscheidet der Kirchengemeinderat in allen Fragen des gemeindlichen Lebens. ( Artikel 14 Verfassung Nordkirche ). 

Die Aufgaben eines Kirchengemeinderates sind vielfältig. Er verwaltet das Vermögen (Gebäude und Haushalt) der Gemeinde, er stellt Mitarbeiter ein und ist vor allem für das geistliche Leben einer Gemeinde verantwortlich. Als Vorsitzende/n wählt der Kirchengemeinderat ein Mitglied aus seiner Mitte. 

Neben dem Pastor sind alle Kirchengemeinderäte Ansprechpartner für Fragen und Probleme der Gemeindeglieder. 
Um die Arbeit des Kirchengemeinderates besser bewältigen zu können, bildet der Kirchengemeinderat Ausschüsse. In diesen Ausschüssen können auch Fachleute mitarbeiten, die nicht dem Kirchengemeinderat angehören.